BioKG v1.0

BioKG v1.0 图谱概览

BioKG v1.0 的整体概览与来源构成，用于项目展示与合作交流。

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BioKG v1.0 Biomedical Knowledge Graph Overview

页面聚焦图谱整体规模、主要来源数据库与结构特征， 便于在项目沟通中快速形成统一认知。

数据库直查 小时级缓存 对外展示口径
数据库 bio_kg_v2
统计时间 2026-07-21 18:00:27
缓存周期 1 小时

Special Disease Hub

专病库入口已就绪

已接入阿尔茨海默病、渐冻症、胰腺癌和代谢子专题的统一筛查结果，可直接进入单病页查看结构与缺口。

进入专病库

Core Metrics

图谱整体状态

以下指标用于概览当前图谱规模、关系复杂度与整体连接水平。

节点总数 11,174,446

nodes 表当前总行数。

边总数 77,017,544

edges 表当前总行数。

节点类型数 36

nodes.category 的当前类别数。

边类型数 69

edges.type 的当前类别数。

图密度 6.17 x 10^-7

按当前节点数和边数计算的整体连接密度。

边/节点比 6.89

平均每个节点对应多少条边。

Source Breakdown

数据来源构成

节点按 `provided_by` 聚合，边按 `primary_knowledge_source` 聚合，便于合作方快速理解图谱组成。

节点来源数据库

按 nodes.provided_by 聚合 / 共 52 个来源
01
ClinVar 4,294,684 · 38.4%
02
ChEMBL 2,977,908 · 26.6%
03
Ensembl 920,561 · 8.2%
04
RNAcentral 695,788 · 6.2%
05
UniProtKB 667,153 · 6.0%
展开完整来源列表（52 个）
数据库 节点数 占比
ClinVar 4,294,684 38.4%
ChEMBL 2,977,908 26.6%
Ensembl 920,561 8.2%
RNAcentral 695,788 6.2%
UniProtKB 667,153 6.0%
LncBook 470,355 4.2%
gene_g2_lncbook_20260713 256,855 2.3%
AlzKB 161,129 1.4%
OpenTargets_Genetics 143,904 1.3%
gene_multispecies_mus_musculus_20260715 78,348 0.7%
InterPro 51,489 0.5%
gene_multispecies_caenorhabditis_elegans_20260715 46,926 0.4%
HGNC 44,915 0.4%
OpenTargets 44,505 0.4%
gene_multispecies_rattus_norvegicus_20260715 43,360 0.4%
Gene Ontology 38,263 0.3%
gene_multispecies_danio_rerio_20260715 32,520 0.3%
gene_g1_ensembl_20260713 31,109 0.3%
PrimeKG 24,507 0.2%
gene_multispecies_drosophila_melanogaster_20260715 24,254 0.2%
Reactome 23,503 0.2%
HPO 19,933 0.2%
ChEBI 14,959 0.1%
UBERON 10,422 0.1%
ChEMBL36 7,305 0.1%
gene_multispecies_saccharomyces_cerevisiae_20260715 7,127 0.1%
mondo_backbone_load 6,801 0.1%
SIDER_MedDRA 6,060 0.1%
RNAct 5,673 0.1%
SIDER 3,437 0.0%
HENA 2,994 0.0%
Hetionet 2,606 0.0%
ADVP 2,556 0.0%
AD Multi-Region 1,828 0.0%
miRBase 1,703 0.0%
HPA 1,441 0.0%
AlzData 1,247 0.0%
ICELLNET 1,092 0.0%
miRTarBase 1,035 0.0%
UniProtKB 837 0.0%
SIGNOR 835 0.0%
SEA_AD 549 0.0%
chebi_backbone_load 526 0.0%
tcga_paad_20260707 464 0.0%
malformed_id_fix_20260707 459 0.0%
HMDB 219 0.0%
ChEMBL 36 SQLite 118 0.0%
gene_coverage_closure_20260714 108 0.0%
BioKG_Root 69 0.0%
NPInter 4 0.0%
Perturb-seq 2 0.0%
hp_backbone_load 1 0.0%

边来源数据库

按 edges.primary_knowledge_source 聚合 / 共 72 个来源
01
HENA 23,657,646 · 30.7%
02
ORnament 15,114,581 · 19.6%
03
ClinVar 7,337,193 · 9.5%
04
InterPro 4,756,167 · 6.2%
05
DG-Miner 2,910,491 · 3.8%
展开完整来源列表（72 个）
数据库 边数 占比
HENA 23,657,646 30.7%
ORnament 15,114,581 19.6%
ClinVar 7,337,193 9.5%
InterPro 4,756,167 6.2%
DG-Miner 2,910,491 3.8%
ChEMBL 2,279,162 3.0%
Hetionet 1,984,635 2.6%
miRDB 1,876,615 2.4%
rnact 1,696,789 2.2%
AlzKB 1,644,439 2.1%
ChEMBL 1,571,801 2.0%
HPA 1,459,421 1.9%
BindingDB 1,283,010 1.7%
Reactome 1,049,189 1.4%
BioGRID 835,232 1.1%
PrimeKG 798,348 1.0%
OpenTargets 762,477 1.0%
Ensembl 650,933 0.8%
IntAct 545,235 0.7%
CTD 536,469 0.7%
dorothea 483,238 0.6%
STRING 448,272 0.6%
Perturb-seq 434,023 0.6%
hgnc-hcop 346,668 0.5%
ad-multi-region 331,898 0.4%
STITCH 319,499 0.4%
GCST 268,777 0.3%
RefSeq 233,326 0.3%
HPO 217,390 0.3%
DrugCentral 145,015 0.2%
SIDER 123,594 0.2%
NEALE 79,054 0.1%
AlzData 71,943 0.1%
GO 64,717 0.1%
HPO_annotations 63,900 0.1%
encori 60,442 0.1%
NPInter 59,369 0.1%
HuRI 50,445 0.1%
Reactome 49,864 0.1%
UniProtKB 46,310 0.1%
MONDO 36,649 0.0%
ComplexPortal 35,392 0.0%
OmniPath 32,235 0.0%
NIAGADS 31,586 0.0%
Monarch Initiative 27,258 0.0%
SIGNOR 25,929 0.0%
HP 22,393 0.0%
GWAS Catalog 20,431 0.0%
sea-ad 17,739 0.0%
ChEBI 16,912 0.0%
gdc 14,924 0.0%
WikiPathways 12,875 0.0%
DTC 10,741 0.0%
miRTarBase 10,019 0.0%
TRRUST 9,238 0.0%
FINNGEN 8,078 0.0%
UBERON 7,701 0.0%
PrimeKG 7,227 0.0%
MONDO 4,976 0.0%
PharmGKB 4,657 0.0%
icellnet 2,931 0.0%
HPA 2,397 0.0%
SAIGE 1,960 0.0%
chembl_36_sqlite.tar 1,834 0.0%
SIGNOR 1,203 0.0%
RISE 1,064 0.0%
AD_Multi_Region 435 0.0%
TTD 414 0.0%
GENCODE 337 0.0%
TDG Clinical Trial 209 0.0%
DGIdb 161 0.0%
BioKG Engine 62 0.0%

Pending Sources

待入库/下载清单

这个区域只读取一份待办清单文件，适合让 agent 自动维护“已找到但还没下载或还没完成入库”的候选库。

待入库/下载清单

最近同步 2026-04-26T16:53:00+08:00 / 共 21 个
数据库 下载
starBase / ENCORI ✔
POSTAR3 -
RISE ✔
DIANA-LncBase v3 -
hTFtarget -
展开完整待下载列表（21 个）
数据库 下载
starBase / ENCORI ✔
POSTAR3 -
RISE ✔
DIANA-LncBase v3 -
hTFtarget -
CellPhoneDB ✔
HMDB -
MINERVA disease maps -
COVID-19 Disease Map -
LncRNA2Target -
MNDR -
circBank -
RNAInter -
ATtRACT ✔
RBPDB -
EuRBPDB -
CLIPdb -
ADSP -
OpenNeuro ds004504 ✔
OpenNeuro ds006036 ✔
SEA-AD ✔

Node Landscape

节点类型概览

从节点类型分布可以快速看出当前图谱主要由哪些生物医学实体构成。

节点类型概览

按 nodes.category 聚合 / 共 36 类
Variant 39.7%

4,437,152

SmallMolecule 25.7%

2,866,329

RNA 13.1%

1,466,071

Gene 6.5%

720,976

Transcript 5.6%

625,483

Protein 5.3%

586,943

ProteinIsoform 0.8%

93,319

Treatment 0.5%

59,954

展开完整节点类型列表（36 类）
节点类型 节点数 占比
Variant 4,437,152 39.7%
SmallMolecule 2,866,329 25.7%
RNA 1,466,071 13.1%
Gene 720,976 6.5%
Transcript 625,483 5.6%
Protein 586,943 5.3%
ProteinIsoform 93,319 0.8%
Treatment 59,954 0.5%
ProteinFeature 51,489 0.5%
Phenotype 42,024 0.4%
Disease 37,943 0.3%
Peptide 37,829 0.3%
Drug 33,438 0.3%
Pathway 29,782 0.3%
BiologicalProcess 29,140 0.3%
MolecularFunction 11,811 0.1%
Anatomy 11,340 0.1%
Measurement 8,437 0.1%
SideEffect 6,060 0.1%
DrugClass 6,053 0.1%
CellularComponent 4,321 0.0%
Sample 1,808 0.0%
Complex 1,615 0.0%
CellSubtype 1,175 0.0%
Antibody 890 0.0%
CellType 834 0.0%
MolecularEntity 526 0.0%
TranscriptionFactor 519 0.0%
Symptom 508 0.0%
PharmacologicClass 329 0.0%
Case 185 0.0%
ProteinFamily 92 0.0%
CellGroup 53 0.0%
CellClass 15 0.0%
CellLine 2 0.0%
Cohort 1 0.0%

Schema Graph

类型关系示意图

图中仅展示现有节点类型以及它们之间的总体连接结构，不展开到底层实例节点。

Schema Visualization

仅保留主要类型，并合并双向连接
正在加载类型关系图...
节点大小表示节点规模 连线粗细表示连接强度 大节点位于内圈，小节点位于外圈 可拖拽 / 可缩放 / 点击高亮

Connectivity Matrix

节点类型连接矩阵

横纵轴顺序与现有类型矩阵图保持一致，用来查看不同节点类型之间的连接强度。

类型连接矩阵

读取预生成统计结果
正在加载连接矩阵...

统计口径

以当前库内结果为准

当前页面展示基于 BioKG 数据库快照统计结果，仅保留概览场景最常用的核心指标与来源拆解。

刷新策略

按小时更新

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